民眾黨主席柯文哲被台北地方法院裁定繼續羈押禁見兩個月，連同其首次羈押禁見兩個月，就是總共四個月。而柯文哲在八月底為釐清政治獻金案中責任歸屬，向黨中央請假三個月黨主席職務，並自請接受中央評議委員會調查，代理主席人選須待中評會處理認定。這四個月的羈押期，就超越了其請假的期限，因而在民眾黨內，掀起了是否應當依照黨章規定，產生代理黨主席的爭論。
  依《台灣民眾黨章程》規定，黨主席一人對外代表本黨，由黨員直接選舉產生，每屆任期四年，連選得連任，並兼任當然中央委員，歷任黨主席並得為當然黨員代表。黨主席負責任命中央黨部秘書長、副秘書長，並有相關黨務部門之主管人事任命權。如遇黨主席請辭或因故無法執行職權時，由中央委員互推一人代理之。如所餘任期超過一年，應於出缺後六個月內完成補選，其任期至原黨主席之任期屆滿之日。
  其中的「如遇黨主席請辭或因故無法執行職權時，由中央委員互推一人代理之」的規定，就成為是否應當由中央委員互推代主席爭論的焦點。如果嚴格執行黨章這項規定，一方面柯文哲因為已經被羈押禁見而「無法執行職權」，另一方面柯文哲被裁定延押的期限超過其請假三個月的效期，而且倘被起訴，檢方仍然可以申請羈押禁見，而按《刑事訴訟法》規定，若所犯最重本刑為十年有期徒刑以下者，第一審、第二審以延押三次為限，第三審以延押一次為限，羈押期總共長達一年半，已經超過民眾黨黨章關於「如所餘任期超過一年，應於出缺後六個月內完成補選，其任期至原黨主席之任期屆滿之日」的規定，這就不但是由中央委員互選產生代理黨主席的問題，而且還進一步「升格」為必須進行黨主席補選，由全體黨員必須投票產生新的黨主席的問題。
  但似乎是有部分受到柯文哲感染的創黨成員，卻抱著對柯文哲個人的執念，認為無論柯文哲所涉的官司在終審定讞之前，按照「無罪推定」的原則，都應被視為清白無罪，因而仍然是民眾黨主席。而且黨中央已經成立中央危機處理小組，完全可以承擔民眾黨的黨務運作，因而無需互推代理黨主席。
  然而，這後一種主張，並不符合黨章的規定，因而有多數黨員認為應當按照黨章規定，在柯文哲請假三個月期滿亦即十一月底時，由中央委員互推代理黨主席。
  按照黨章規定，民眾黨設有十五名中央委員，分為當然委員、指定委員及票選委員三部分。其中當然委員是黨主席、「立委」，有柯文哲、黃國昌、黃珊珊、陳昭姿、吳春城、麥玉珍、林國成、林憶君、張啓楷等人，但黃珊珊因為涉及「政治獻金案」而被中評委裁定停權，因而不能執行中央委員的權利；指定委員由柯文哲指定林富男出任；票選委員為張凱鈞、江和樹、馮啟彥、許瑞宏、孫正華、李國璋。
  在上述中央委員中，除已經請假的柯文哲，及已經被停權的黃珊珊之外，呼聲最高的似是黃國昌。實際上，柯文哲涉入京華城案接受司法調查階段，民眾黨成立中央緊急應變小組，黃國昌擔任黨內緊急應變小組三名共同召集人之一。在柯文哲被羈押後，黃國昌除了多次在群組發言獻策、下指導棋，也積極掌握白營對外攻防的主導權，主控回應媒體質疑，站上火線挺柯捍衛清白，怒批司法不公、檢方用媒體放話，違反偵查不公開原則。黃國昌儼然成為黨內僅存有實力的政治明星，現在每場公開活動都是壓軸登場。雖是與多名白營要角主導對外攻防，但實際上仍由黃主控回應媒體質疑，不難看出黃漸取得白營二把手的地位。因而如果在中央委員中互推代理黨主席，黃國昌的機率極高。
  但黃國昌的身上卻有一個「死穴」，那就是在柯文哲邀請他加入民眾黨並安排在「不分區立委」名單的第二名時，曾經向柯文哲提出一個條件，就是不管民眾黨的黨務。因此，如果他被互推為代理黨主席，甚至在黨主席補選中參選並當選，都有「違背誠信」的政治瑕疵。而在台灣地區的政壇中，「誠信」是相當重要的政治價值。
  因此，倘是民眾黨執行黨章由中央委員互推代理黨主席，黃國昌就必須自行「迴避」，否則其「政治誠信」形象大幅受損。而在實質代行黨主席職權的中央危機應變小組的三名共同召集人中，黃珊珊已經被停權三年，林富男被中央委員互推的機率就很高。但林富男的建設性發言不多，多場會議也未見他的身影，積極度不及黃國昌。
  因此，倘是執行黨章互推黨主席，現在實質的「地下黨主席」黃國昌的影響力甚至實質性的權力，就將受到較大的削弱。而被互推的林富男，卻難以發揮應有的戰鬥力。這就導致黃國昌對被互推為代理黨主席，欲拒還迎，就以柯文哲仍然是黨主席，及已經有中央危機應變小組在發揮黨主席的實質作用為由，聲稱無需互推代理主席。
  黃國昌的「密底算盤」是打得很響的。一方面，可以避免在中央委員互推黨主席後，自己的實質性權力受到削弱甚至是消失；另一方面，可以繼續以中央危機應變小組召集人的名義，繼續發揮「地下黨主席」的影響力，直到黨主席補選。
  創黨黨員蔡壁如有意願參與代理黨主席的競逐，但因為她不是中央委員，依規定無法成為黨主席代理人。因而只能寄望於明年初的票選中央委員改選。由於蔡壁如接地氣的個性，在基層非常吃香，讓她累積不少人氣，因而當選中央委員的機率很高，倘進行黨主席補選，在黃國昌、黃珊珊都分別因自身問題不能參選下，當選的機率也很高。不過，由於她與黃國昌的關係良好，可能會在私下與黃國昌「分享權力」，這就可以彌補黃國昌的「缺陷」，繼續發揮在黨內的實質影響力。