在台灣地區這波重要人事調整中，其中有一項是陳水扁更換「國家安全局」局長，將副局長許惠祐提升為局長，而原任局長薛石民則調任並無實權的「總統府」戰略顧問。這就使得許惠祐成為第一位文人「國安局長」，與目下台灣地區正在盛傳的將會由現任「國防部」文人副部長柯承亨接任「國防部長」，成為第一位文人「國防部長」的傳言遙相呼應。這既展示陳水扁要搞軍憲警特「國家化」的「改革」企圖心，也折射了陳水扁要黨政軍憲警特一把抓的強烈野心。自此，他的所謂「權力下放」豪言，就變成了一個已爆破的肥皂泡。

陳水扁刻意提升許惠祐，其實早在他將毫無情治經歷的許惠祐從「海巡署長」任上調任「國安局」副局長，就已露端倪。但為何陳水扁竟敢破了情治系統由內部提升，諱忌「空降」，尤其是抗拒從情治系統以外機構調進的「鐵律」（一般說，「海巡署」也屬情治單位，但並非嚴格意義上的情報間諜機構）？這恐非當初陳水扁將許惠祐調進「海巡署」，是基於「海巡署」的業務涉法性質甚強，而警務系統中具有法學學位的官員並不多，故有必要將具有法學博士學位的許惠祐調進的模式所能解釋得了。因此，應從許惠祐的另一特長－－曾任海基會正副秘書長和「陸委會」副主委，擁有與大陸相關方面接觸、談判的豐富經驗，並熟悉大陸黨、政、軍、警系統運作方面去觀察。或許，這項人事調動，折射了陳水扁對目前台灣當局情報系統的大陸情報工作效績甚低，並頻頻碰壁失手，因而對情報系統現任高級官員並不信任，而認為需要借助早已「賣身投靠」的許惠祐來主持改造情治機構，甚至是進行戰略性調整的考量和部署。

實際上，「國家安全局」局長是直屬於「總統」的「國家安全會議」的組成成員之一。而依《國家安全局組織規程》規定，「國安局」是「國家」最高情報機關，也是統合「國家安全」情報工作的最高機關。「國安局」對「國防部軍事情報局」（即「軍統」的後身）、「法務部」調查局（即「中統」的後身）、「國防部」電訊發展室（相當於大陸的總參謀部三部）等單位，所主管與「國家安全」工作有關業務，有督導考核之責。對島內各警備、治安、情報機構等「國家安全」工作，負指揮、協調、聯繫之責。「國安局」的第一處，主管國際情報、第二處主管大陸地區情報，第三處主管台灣地區安全情報，第四處主管「國家」戰略情報，第五處主管科技情報與電訊安全，第六處主管密碼及其裝備管制、研製。另設「特種勤務指揮中心」，負責最高領導人及重大慶典的安全護衛。「國安局」為統合情報工作，得召開「國家安全情報協調會報」，由「國安局長」擔任主席，各有關情報治安機關首長出席。「國安局」為統籌全島密碼管制政策及研發等有關事項，並指導、協調、聯繫與密碼保密有關業務之施行，得召開「中央密碼管制協調會報」，由「國安局長」擔任主席，各有關機關業務主管出席。

由於「國安局」的性質特殊，其成員又長期接受反共反「獨」教育，故在台灣地區政情蛻變下，早就出現「忠誠」問題。－－在李登輝排斥反「獨」最堅決的國民黨「非主流派」時，「國安局」成員就已是眾所週知的「黃軍」亦即新黨的投票部隊，「國安局」有個別成員還經常向新黨籍「立委」郁慕明、馮滬祥等透露內部情報，甚至連李登輝委派蘇志誠到香港、澳門、珠海與北京「密使」秘密接觸的情報，也提供給新黨「立委」，供其作炮打李登輝的「炮彈」。

政黨輪替後，情治系統內更是彌漫著一種「不知為何而戰、為誰而戰」的徬徨、消極情緒。再加上大陸的反間謀機構著力查緝，使到台灣情報系統的績效甚低，並頻頻發生其情報員遭對方緝捕、「策反」的事件。因此，又衍生了另一種怪現象，就是有人為了搏「上位」，急功近利，不是拿一些濫竽充數的低價值甚至是不實的資料當「情報」上交，就是因超逾情報機關程式規矩而「出事」，包括竟由處長級的主管人員親到大陸廣西邊境與「線人」接頭，及以「美人計」引誘美國國務院官員「下水」，釀成了國際情報史上的大笑話。

因此，陳水扁把既具有頗為專深的法律專業知識，又因曾與大陸涉台、法政、公安、經貿等不同部門談判、接觸、交流，因而對大陸政經社會情勢有獨到見解及判斷的許惠祐出任「國安局長」，其要借助許惠祐的學養和經驗，對情報系統進行戰略改造的意圖，就十分明顯。這個「戰略改造」，已不局限於蒐集情報具體運作的技術調整，可能還包括對整個大陸情報工作的方針策略及運作模式的重大調整。

實際上，據《變與不變－－往後跑的黑馬許惠祐》一書披露，許惠祐的父親是「被強迫獻身給天皇的另類神風特攻人員」，使他從小就養成了一種「勇往無前，視死如歸」的性格。許惠祐在政治大學法律系就讀時，迷上了西洋劍運動，並擔任了政大擊劍隊隊長，帶領政大擊劍隊創下許多紀錄。直到目前，他還是「中華民國」擊劍協會的理事。據許惠祐自述，擊劍運動是一種很細膩的運動，也是一種心理戰的延伸，永遠不能讓對方曉得自己的弱點。除了要在技巧上贏人家，還要在氣勢上佔優勢，讓對手心生畏懼。為此，他在到海基會任職後，就將擊劍運動的技巧化為與大陸談判的策略技術。－－開始時，雙方用劍交纏一下，刀光劍聲中探試對方招式路數。找到對方弱點後，不能常常打這個弱點，否則對方就知道你已經知道他的弱點，所以要小心掩飾，讓對方以為你只是一時運氣好，湊巧碰上而已。偶而也要假攻別處，迂迴轉進，趁其不備再攻其弱點得分。在與大陸談判的過程中，他明知中共方面在故意設陷阱，也將計就計，佯裝中計，再設一個反陷阱設計對手。

正因為如此，在大陸談判代表的眼中，許惠祐是一個機變難纏的對手，也就有「寧將面子給焦仁和，也不給許惠祐」之說。而陳水扁將許惠祐提拔為「國安局長」，恐怕也是看中了他這一點「長處」，寄望他能將擊劍技巧運用到對大陸情報工作方面。

但一長必有一短。由於許惠祐從小學到博士的讀書時光，都是在台灣島內渡過，未有出洋浸過「鹹水」，故也被人們視為「欠缺國際觀」。日後他在領導台灣情報系統進行國際情報工作時，可能不會得心應手。但惟其如此，才可反證陳水扁是相當著緊對大陸的情報工作，並將許惠祐視為整頓情報系統及調整情報策略的希望所在。